由于細(xì)胞壁等因素的限制，植物的單細(xì)胞研究要稍晚于動物領(lǐng)域，目前植物單細(xì)胞文章主要是針對少量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性的研究，高通量水平還未應(yīng)用到植物領(lǐng)域。2019年2月4日，美國密歇根大學(xué)John Schiefelbein實(shí)驗(yàn)室在線發(fā)表了擬南芥高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組（scRNA）研究文章，發(fā)表雜志為Plant Physiology（IF=5.949），這也是第一篇將10x Genomics scRNA測序應(yīng)用在植物中的發(fā)表文獻(xiàn)。
植物10x Genomics scRNA-seq一個(gè)很大的限制因素是無法獲得高活力的原生質(zhì)體，下面給出了上述文獻(xiàn)中擬南芥根組織原生質(zhì)體的制備流程，供參考，實(shí)際操作時(shí)需要根據(jù)研究的組織類型，對實(shí)驗(yàn)條件進(jìn)行優(yōu)化，例如解離酶的選擇、解離酶的處理時(shí)間等。
1、溶液準(zhǔn)備
清洗液：0.4 mM 甘露醇（Mannitol）、20mM MES (pH 5.7)、20 mM KCl、10mM CaCl2、0.1% (w/v) BSA；
酶解液：1.25% (w/v) 纖維素酶Cellulase("ONOZUKA" R-10, Yakult)、0.1% (w/v)果膠酶Pectolyase (P-3026, Sigma-Aldrich)、0.4 mM Mannitol、20mM MES (pH 5.7)、20 mM KCl、10mM CaCl2、0.1% (w/v) BSA。
2、原生質(zhì)體懸液制備
1） 取擬南芥根尖，切碎，70-μm濾器過濾；
2） 置于35 mm培養(yǎng)皿中，加入酶解液；
3） 放入恒溫?fù)u床（85 rpm），25°C酶解1h；
4） 500 g 離心10 min；
5） 離心，加入500 μL清洗液洗滌；
6） 40μm細(xì)胞濾器過濾原生質(zhì)體懸液后，200g離心 6 min；
7） 清洗液重懸，確定原生質(zhì)體濃度，冰上放置，可進(jìn)行10x上機(jī)標(biāo)記。
